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Le Comité d'application a été officiellement créé en 2002 conformément à la Résolution 02/03 Termes de référence pour le Comité d'application de la CTOI, qui a été remplacée en 2010 lors de la Quatorzième session de la Commission par la Résolution 10/09 Termes de référence pour le Comité d'application. Les éléments de la Résolution 10/09 ont, depuis la 18e session de la Commission, été incorporés dans l'Appendice V du Règlement intérieur de la CTOI. Le Comité d'application est chargé d'examiner tous les aspects de l’application des mesures de conservation et de gestion de la CTOI dans la zone de compétence de la CTOI et de rendre compte directement à la Commission de ses délibérations et recommandations .
La principale responsabilité du Comité d'application est de surveiller la mise en œuvre des mesures de conservation et de gestion de la CTOI par les CPC . Ce contrôle est effectué par le biais de l'évaluation des rapports fournis par les CPC. Conformément à l’article X de l'Accord de la CTOI, et de l'Appendice V du Règlement intérieur de la CTOI, les CPC sont tenues de faire rapport sur leur état d'avancement de la mise en œuvre (Rapport de mise en œuvre) et sur les questions d’application (Questionnaire d’application). La surveillance de l’application est également réalisée par l'évaluation des déclarations de données et d’informations conformément aux exigences énoncées dans les diverses résolutions.
Une Section Application existe au sein du Secrétariat de la CTOI et sa fonction principale est d'aider le Comité d'application dans son travail d'examen et d'évaluation de l’application par les membres et les parties coopérantes non contractantes (CPC) dans la mise en œuvre des mesures de conservation et de gestion de la CTOI. La Section Application fournit également un soutien aux CPC dans la mise en œuvre des outils de suivi, contrôle et surveillance (SCS) adoptés par la Commission.
La Section Application est également responsable du maintien de certaines des ressources disponibles sur le site Web de la CTOI, par exemple le Registre des navires autorisés, la Liste des navires actifs, la Liste des navires INN, la Liste des ports désigné, le Programme de document statistique sur le thon obèse, les informations sur les autorisations officielles de pêche en dehors de la juridiction nationale, sur les livres de pêche officiels et sur les licences de pêche côtières officielles.
